根據日本著者販促中心的調查，截止到2013年5月，日本國內的書店數量為1萬4241家，相比1999年時的2萬2296家，減少了8000家以上，表現相當低迷。

另據帝國數據銀行的“出版業界2012年度決算調查”，2012年銷售額最高的書店是紀伊國屋書店，約1081億日元，排名第二的是586億日元的book of corporation，JUNKU堂書店和有隣堂書店同以513億日元并列第三。

很多人指出實體書店的低迷可能是因為網上書店的崛起造成的。根據美國亞馬遜的年度報告，該公司2012年在日本國內的銷售額超過7300億日元，假設有4成是書籍、雜志的銷售額，那也達到了2190億日元，基本是實體書店前幾名的總和。

實體書店的好處是可以站著看，有時可能隨手一翻，就能發現自己喜歡的書。不過現在隨著隨著網絡的發達，書評增加，人們只需在網絡上點一點也能輕松找到適合自己的書籍。網上書店還有一大優勢就是自動書籍推薦功能，這讓讀者很輕松的就可以找到許多自己喜愛的書籍。

還有一大問題就是，實體書店近百年來的流通制度限制，流通線路基本上都是出版社→經銷商→書店→消費者。經銷商往往要考慮店鋪的規模、過去的數據、地域特性來分配書籍。

但是這個模式往往很難平衡，一些大型書店常常堆積了很多的人氣話題小說，而小書店可能一本都買不到。當讀者到小書店購買時，店長必須要到其他書店拿貨，而到貨時間有可能要經過1至2周，如此一來，讀者當然會轉向發貨更快的網上書店。

目前日本某些地區的書店也在尋求轉變以挽回讀者的心，不知道是否能夠扭轉如今的局面。